Goodbye Eden est l'histoire d'une jeunesse dans un Japon post-apocalyptique. Alors qu'ils prennent la "médecine", que le gouvernement leur fournit pour atténuer leur peur, les élèves du collège sont armés pour se défendre contre les "ennemis" qui les attaquent. Parmi eux se trouve une fille nommée Chikori, une fille normale qui souhaite tomber amoureuse. Cependant, avec le monde tel qu'il est, la normalité est difficile…
