L'histoire se centre autour de Nyaruko, une divinité de chaos formelle (Nyarlathotep) qui peut prendre la forme d'une fille ordinaire aux cheveux argentés. Mahiro Yasaka est un garçon de lycée normal qui est poursuivi par un alien noir puissant une nuit, jusqu'à ce que Nyaruko le sauve. Elle explique que les créatures des œuvres de H. P. Lovecraft sont en réalité des races d'aliens, et qu'elle a été envoyée à Ea pour le protéger.
