L'histoire se déroule dans le village d'Asama et suit Hanzo, un jeune orphelin qui rêve de devenir un ninja de haut niveau. Sous la tutelle de la légendaire et excentrique kunoichi Yoda — un guerrier puissant avec une personnalité envahissante — Hanzo subit un entraînement rigoureux tout en développant un lien profond avec son mentor. Lorsque la famille Honkiri, les ennemis, attaque le village, Yoda et les autres kunoichis doivent défendre leur foyer.
