Hikaye, Nyaruko, formüzsüz bir Kaos tanrısı (Nyarlathotep) etrafında merkezlenmiştir, bu tanrıça normal bir kızın görünümünü alabilir. Mahiro Yasaka, normal bir lise öğrencisi, bir gece bir güçlü siyah uzaylı tarafından takip edilir, ancak Nyaruko onu kurtarır. Nyaruko, H. P. Lovecraft'ın eserlerinin karakterlerinin aslında uzaylı ırkları olduğunu ve Ea'ya gönderildiğini açıklar.
