Goodbye Eden é a história da juventude em um Japão pós-apocalíptico. Enquanto tomam a "medicação", que o governo lhes fornece para atenuar seu medo, os estudantes do ensino médio estão armados para lutar contra os "inimigos" que os atacam. Entre eles há uma menina chamada Chikori, uma menina normal que quer se apaixonar. No entanto, com o mundo como é, a normalidade é difícil…
