A história gira em torno de Nyaruko, uma divindade do caos sem forma (Nyarlathotep) que pode assumir a forma de uma garota com cabelos prateados. Mahiro Yasaka é um garoto de ensino médio normal que é perseguido por um alienígena negro poderoso uma noite, até que Nyaruko o salva. Ela explica que as criaturas das obras de H. P. Lovecraft são, na verdade, raças de alienígenas, e que foi enviada para Ea para protegê-lo.
