A história se passa no vilarejo de Asama e segue Hanzo, um jovem órfão que sonha em se tornar um ninja de alto nível. Sob a tutela da lendária e excêntrica kunoichi Yoda — um guerreiro poderoso com uma personalidade invasiva — Hanzo submete-se a um treinamento rigoroso enquanto desenvolve um vínculo profundo com seu mentor. Quando a família Honkiri, os inimigos, ataca o vilarejo, Yoda e as outras kunoichis devem defender sua casa.
