La historia se centra en Nyaruko, una divinidad del caos sin forma (Nyarlathotep) que puede tomar la forma de una chica ordinaria con cabello plateado. Mahiro Yasaka es un chico de secundaria normal que es perseguido por un alien negro poderoso una noche, hasta que Nyaruko lo salva. Ella explica que las criaturas de las obras de H. P. Lovecraft son en realidad razas de aliens, y que ha sido enviada a Ea para protegerlo.
